به دنبال گسترش دامنة  فعالیت های پژوهشی و آموزشي پژوهشگاه، احساس نیاز به تاسیس معاونت پژوهشی و تحصیلات تکمیلی ايجاد شد و این معاونت از سال 1382 در پژوهشگاه دانشهای بنیادي آغاز به کار نمود.

   هماهنگی بین بخشهاي مختلف تحقیقاتی در پژوهشگاه با یکدیگر و با ارگانهای علمی کشور، هماهنگی بین فعالیت های آموزشي در پژوهشکده های مختلف و تنسیق امور آموزشی و دانشجویی از وظايف اولیه ای بود که به عهده این معاونت گذاشته شد.

   تنظیم و تهیه آمارهای پژوهشي برای ارزیابی  فعالیت های علمی و ارائه به نهاد های ذی ربط درون و برون پژوهشگاه نیز از وظایف معاونت پژوهشی است که از سال 1387 از طریق دفتر نظارت و ارزیابی پژوهشي پژوهشگاه صورت گرفته است .

   نظارت و پیگیري مسائل مربوط به ارتقا و یا استخدام  اعضای هیات علمی، تشکيل شورای علمی، شوراي آموزشی و کمیته ارتقاء و ابلاغ مصوبات آن به منظور اجرایی شدن آنها، از دیگر وظایف اين معاونت می باشد.

معاونت پژوهشی و تحصیلات تکمیلي همه گونه تلاش برای ارتقاء کیفیت محيط و تسهيل مراودات علمی را به عمل می آورد.