به دنبال گسترش دامنة  فعاليت هاي پژوهشي و آموزشي پژوهشگاه، احساس نياز به تاسيس معاونت پژوهشي و تحصيلات تکميلي ايجاد شد و اين معاونت از سال 1382 در پژوهشگاه دانشهاي بنيادي آغاز به کار نمود.

   هماهنگي بين بخشهاي مختلف تحقيقاتي در پژوهشگاه با يکديگر و با ارگانهاي علمي کشور، هماهنگي بين فعاليت هاي آموزشي در پژوهشکده هاي مختلف و تنسيق امور آموزشي و دانشجويي از وظايف اوليه اي بود که به عهده اين معاونت گذاشته شد.

   تنظيم و تهيه آمارهاي پژوهشي براي ارزيابي  فعاليت هاي علمي و ارائه به نهاد هاي ذي ربط درون و برون پژوهشگاه نيز از وظايف معاونت پژوهشي است که از سال 1387 از طريق دفتر نظارت و ارزيابي پژوهشي پژوهشگاه صورت گرفته است .

   نظارت و پيگيري مسائل مربوط به ارتقا و يا استخدام  اعضاي هيات علمي، تشکيل شوراي علمي، شوراي آموزشي و کميته ارتقاء و ابلاغ مصوبات آن به منظور اجرايي شدن آنها، از ديگر وظايف اين معاونت می باشد.

معاونت پژوهشي و تحصيلات تکميلي همه گونه تلاش براي ارتقاء کيفيت محيط و تسهيل مراودات علمي را به عمل مي آورد.